私はフォントサイズを10pt~11ptくらいに固定しています。テキストのみの見易さではなく、ページ全体を通した画像や左右カラムのバランスなどから、1行当たりの文字数が読みやすい範囲で収まるようにすることを優先させているためです。
また、このサイトを見て文字が小さいと感じられた方もいらっしゃるかもしれませんが、コチラについては「知的」に見せるためのデザイン面を優先させています。また、フォントサイズを固定することで、文字の大きさが変わることによるレイアウトの崩れを防いでいたりもします。
しかし、これはあまり良くない例です。
「サイトの幅」の場合、テキストの表示スペースが変動することで、読みづらくなってしまうことがあるのですが、フォントサイズの場合、一定のスペースの中で行を折り返させれば、あまり読みづらさは感じません(幅が狭い場合、文字が大きくなりすぎると読みづらくなることはあります)。
このことから、フォントサイズに関しては変動するよう「%」で指定するべきだと考えますが、注意しなければならないこともあります。それが「画像の利用」です。
フォントサイズはブラウザの設定で大きさを変えることができる一方、サイトに表示しているロゴや挿絵などの大きさは変わりません。そのため、サイトのタイトルや見出しを画像で作っている場合、フォントサイズを大きくすると、テキストの方が大きくなってしまう場合があり、せっかく画像で作った「目立たせたい部分」が目立たなくなってしまいます。
見出しなどに関しては、CSSで背景色をつけたり色を変えたりすることで、ページ内のメリハリをつけることができますので、フォントサイズを変動させる場合には、本文のテキストと同様に、見出しのテキストも変動させるようにしましょう。

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